Doorheen de geschiedenis van Khujand, in het centrum van de stad, was zijn fort. 2500 jaar lang werd het fort van Khujand uitgebreid met de stad, werd het vernietigd door de veroveraars, opnieuw opgebouwd. Na archeologische opgravingen werd gevonden dat het eerste fort werd gebouwd in de VI-V eeuw voor Christus, en bestond uit een dijkwal geleidelijk omgezet in dikke muren van ruwe klei. Bovendien was er naast het fort een stadsmuur van 20 hectare. Tijdens de hoogtijdagen van de Grote Zijderoute werd het fort Khujand herbouwd, evenals de stadsmuur. De stad groeide echter nog meer en was verdeeld in drie delen: de citadel, rabad en shahristan. In die tijd werd het fort Khujand beschouwd als een van de belangrijkste stad in Centraal-Azië. Het fort werd echter vernietigd door het leger van Genghis Khan. In 1219-1220. In 1999 werd een deel van de oostelijke muur van het fort Khujan, daterend uit de 8e tot 10e eeuw, gerestaureerd.

In 1999 werd een deel van de oostelijke muur van het fort van Khujan, daterend uit de 8e tot 10e eeuw, gerestaureerd en het museum voor geschiedenis en lokale archeologie en fortificatie ernaast gebouwd. Dit museum bevat huishoudelijke artikelen, keramiek en gereedschappen gevonden op de opgravingsplaats van het fort. In totaal bevat het museumfonds 1200 exposities, waarvan de meeste beschikbaar zijn voor bezoekers.

Dit grote herdenkingsensemble, gelegen in het historische deel van de stad, werd gebouwd op het graf van Muslihiddin Khujandi - de heerser van de stad Khujand en dichter die in de XII eeuw leefde. Sheikh Muslihiddin was een heilige wonderwerker. Aanvankelijk werd hij begraven in het dorp Unji (een buitenwijk van Khujand), maar zijn bewonderaars verplaatsten de as van de sjeik naar de stad en bouwden een mausoleum op deze plek. Het was in de 12e eeuw. Toen was het mausoleum een kleine grafkamer van verbrande bakstenen, versierd met terracotta. Dit graf werd vernietigd tijdens de Mongoolse invasie. In de XIV eeuw werd het mausoleum opnieuw opgebouwd. Tegenwoordig is het Sheikh Muslikhiddin Mausoleum een architecturaal ensemble bestaande uit een moskee, een minaret uit de 19e eeuw (hoogte meer dan 20 m) en het mausoleum van Sheikh Muslikhiddin.