San Miguel el Grande werd in 1542 als missie gesticht onder de Purépecha- en Guamar-indianen. De bloei kwam enkele jaren nadat de stad een belangrijk knooppunt was geworden op de routes tussen de mijnsteden en de hoofdstad van Nieuw-Spanje. Veel van de belangrijkste gebouwen zijn gebouwd in de 18e eeuw, de periode van grootste welvaart. In dezezelfde periode (1740-1776) werd ook het indrukwekkende Atotonilco-heiligdom opgericht. Dit verklaart de intense barokke sfeer van beide complexen.