De Sint-Franciscusbasiliek is een heilige plaats bij uitstek en bestemming van de christelijke bedevaart, die elk jaar door miljoenen toeristen wordt bezocht. Sinds 1230 bewaart en bewaakt het de stoffelijke resten van de heilige. Volgens de overlevering was het Franciscus zelf die de plek van zijn begrafenis koos, de plek waar de 'wettelozen', die door justitie waren veroordeeld, gewoonlijk werden begraven. Franciscus werd slechts twee jaar na zijn dood tot heilige uitgeroepen, op 16 juli 1228, en de volgende dag werd de eerste steen gelegd voor de bouw van zijn imposante basiliek, een complex van enorme artistieke waarde, zowel vanwege de architectuur als vanwege de kostbare fresco's en interieurdecoratie. De bovenste basiliek heeft een gotische uitstraling, helder en slank, en de onderste basiliek is lager en sober. Het kloppende hart van de basilieken zou de Crypte met het Graf van Sint Franciscus zijn. Andere bezienswaardigheden zijn de Basiliek van Santa Chiara en de Basiliek van Santa Maria degli Angeli.