Rekening houden met het weer in Amatitán is belangrijk voor het plannen van je reis, vooral als je aan het zwembad wilt liggen. De warmste maanden zijn gewoonlijk mei en april, met een gemiddelde temperatuur van 23 °C. De koudste maanden zijn januari en december, met een gemiddelde temperatuur van 19 °C De gemiddelde jaarlijkse neerslag in Amatitán is 805 mm.