Het weer is waarschijnlijk een belangrijke factor als je je reis plant naar Ambatomilo. Vergeet niet dat de goedkopere opties meestal beschikbaar zijn als het weer minder goed is. De warmste maanden zijn gewoonlijk december en januari, met een gemiddelde temperatuur van 28 °C. De koudste maanden zijn juli en augustus, met een gemiddelde temperatuur van 24 °C De gemiddelde jaarlijkse neerslag in Ambatomilo is 742 mm.