Rekening houden met het weer in Anepahan is belangrijk voor het plannen van je reis, vooral als je aan het zwembad wilt liggen. De warmste maanden zijn gewoonlijk mei en april, met een gemiddelde temperatuur van 28 °C. De koudste maanden zijn februari en januari, met een gemiddelde temperatuur van 27 °C De maanden met de meeste regen in Anepahan zijn oktober, september, juli en juni. Deze maanden valt er gemiddeld 271 mm regen.