Het weer is waarschijnlijk een belangrijke factor als je je reis plant naar Canoa Quebrada. Vergeet niet dat de goedkopere opties meestal beschikbaar zijn als het weer minder goed is. De warmste maanden zijn gewoonlijk september en oktober, met een gemiddelde temperatuur van 27 °C. De koudste maanden zijn juli en augustus, met een gemiddelde temperatuur van 27 °C De maanden met de meeste regen in Canoa Quebrada zijn maart, april, februari en mei. Deze maanden valt er gemiddeld 180 mm regen.