Rekening houden met het weer in Chuquipogyo kan helpen om meer tijd aan het zwembad door te kunnen brengen tijdens je reis. De warmste maanden zijn gewoonlijk oktober en november, met een gemiddelde temperatuur van 11 °C. De koudste maanden zijn augustus en september, met een gemiddelde temperatuur van 10 °C De maanden met de meeste regen in Chuquipogyo zijn april, maart, februari en januari. Deze maanden valt er gemiddeld 573 mm regen.