Het weer is waarschijnlijk een belangrijke factor als je je reis plant naar Cueva de Ágreda. Vergeet niet dat de goedkopere opties meestal beschikbaar zijn als het weer minder goed is. De warmste maanden zijn gewoonlijk augustus en juli, met een gemiddelde temperatuur van 18 °C. De koudste maanden zijn januari en februari, met een gemiddelde temperatuur van 4 °C De gemiddelde jaarlijkse neerslag in Cueva de Ágreda is 548 mm.