Rekening houden met het weer in El Carmen de Atrato kan helpen om meer tijd aan het zwembad door te kunnen brengen tijdens je reis. De warmste maanden zijn gewoonlijk augustus en september, met een gemiddelde temperatuur van 18 °C. De koudste maanden zijn juli en augustus, met een gemiddelde temperatuur van 18 °C De maanden met de meeste regen in El Carmen de Atrato zijn mei, april, oktober en november. Deze maanden valt er gemiddeld 533 mm regen.