Het weer is waarschijnlijk een belangrijke factor als je je reis plant naar El Cepero. Vergeet niet dat de goedkopere opties meestal beschikbaar zijn als het weer minder goed is. De warmste maanden zijn gewoonlijk juli en augustus, met een gemiddelde temperatuur van 25 °C. De koudste maanden zijn januari en februari, met een gemiddelde temperatuur van 8 °C De gemiddelde jaarlijkse neerslag in El Cepero is 445 mm.