Rekening houden met het weer in El Chaupi is belangrijk voor het plannen van je reis, vooral als je aan het zwembad wilt liggen. De warmste maanden zijn gewoonlijk mei en augustus, met een gemiddelde temperatuur van 11 °C. De koudste maanden zijn september en augustus, met een gemiddelde temperatuur van 10 °C De maanden met de meeste regen in El Chaupi zijn maart, november, december en februari. Deze maanden valt er gemiddeld 405 mm regen.