Je voorbereiden op het weer is een belangrijke factor om zowel rust als plezier te vinden tijdens je reis naar Flensburg, vooral als het een beetje meer mag zijn. De warmste maanden zijn gewoonlijk juli en augustus, met een gemiddelde temperatuur van 16 °C. De koudste maanden zijn februari en januari, met een gemiddelde temperatuur van 3 °C De gemiddelde jaarlijkse neerslag in Flensburg is 815 mm.