Het weer is waarschijnlijk een belangrijke factor als je je reis plant naar Fonadhoo. Vergeet niet dat de goedkopere opties meestal beschikbaar zijn als het weer minder goed is. De warmste maanden zijn gewoonlijk mei en april, met een gemiddelde temperatuur van 28 °C. De koudste maanden zijn januari en december, met een gemiddelde temperatuur van 28 °C De maanden met de meeste regen in Fonadhoo zijn mei, november, december en oktober. Deze maanden valt er gemiddeld 265 mm regen.