Rekening houden met het weer in Gemanafushi is belangrijk voor het plannen van je reis, vooral als je aan het zwembad wilt liggen. De warmste maanden zijn gewoonlijk april en mei, met een gemiddelde temperatuur van 28 °C. De koudste maanden zijn januari en november, met een gemiddelde temperatuur van 28 °C De maanden met de meeste regen in Gemanafushi zijn mei, november, oktober en december. Deze maanden valt er gemiddeld 240 mm regen.