Rekening houden met het weer in Guarani das Missões is belangrijk voor het plannen van je reis, vooral als je aan het zwembad wilt liggen. De warmste maanden zijn gewoonlijk januari en december, met een gemiddelde temperatuur van 24 °C. De koudste maanden zijn juli en juni, met een gemiddelde temperatuur van 16 °C De maanden met de meeste regen in Guarani das Missões zijn oktober, mei, november en september. Deze maanden valt er gemiddeld 210 mm regen.