Het weer is waarschijnlijk een belangrijke factor als je je reis plant naar Isla Saboga. Vergeet niet dat de goedkopere opties meestal beschikbaar zijn als het weer minder goed is. De warmste maanden zijn gewoonlijk april en maart, met een gemiddelde temperatuur van 28 °C. De koudste maanden zijn januari en februari, met een gemiddelde temperatuur van 26 °C De maanden met de meeste regen in Isla Saboga zijn juli, augustus, mei en juni. Deze maanden valt er gemiddeld 525 mm regen.