Rekening houden met het weer in Isla Saboga kan helpen om meer tijd aan het zwembad door te kunnen brengen tijdens je reis. De warmste maanden zijn gewoonlijk april en maart, met een gemiddelde temperatuur van 28 °C. De koudste maanden zijn januari en februari, met een gemiddelde temperatuur van 26 °C De maanden met de meeste regen in Isla Saboga zijn juli, augustus, mei en juni. Deze maanden valt er gemiddeld 525 mm regen.