Het weer is waarschijnlijk een belangrijke factor als je je reis plant naar Isla San José. Vergeet niet dat de goedkopere opties meestal beschikbaar zijn als het weer minder goed is. De warmste maanden zijn gewoonlijk maart en april, met een gemiddelde temperatuur van 28 °C. De koudste maanden zijn februari en januari, met een gemiddelde temperatuur van 27 °C De maanden met de meeste regen in Isla San José zijn juli, augustus, mei en juni. Deze maanden valt er gemiddeld 498 mm regen.