Je voorbereiden op het weer is een goede manier om je reis naar Isla San José tot een succes te maken, vooral als het een beetje meer mag zijn. De warmste maanden zijn gewoonlijk maart en april, met een gemiddelde temperatuur van 28 °C. De koudste maanden zijn februari en januari, met een gemiddelde temperatuur van 27 °C De maanden met de meeste regen in Isla San José zijn juli, augustus, mei en juni. Deze maanden valt er gemiddeld 498 mm regen.