Het weer is waarschijnlijk een belangrijke factor als je je reis plant naar Karubaga. Vergeet niet dat de goedkopere opties meestal beschikbaar zijn als het weer minder goed is. De warmste maanden zijn gewoonlijk januari en februari, met een gemiddelde temperatuur van 26 °C. De koudste maanden zijn augustus en juli, met een gemiddelde temperatuur van 25 °C De maanden met de meeste regen in Karubaga zijn april, maart, mei en januari. Deze maanden valt er gemiddeld 341 mm regen.