Rekening houden met het weer in Kotamobagu is belangrijk voor het plannen van je reis, vooral als je aan het zwembad wilt liggen. De warmste maanden zijn gewoonlijk september en oktober, met een gemiddelde temperatuur van 27 °C. De koudste maanden zijn februari en maart, met een gemiddelde temperatuur van 26 °C De maanden met de meeste regen in Kotamobagu zijn januari, mei, december en november. Deze maanden valt er gemiddeld 325 mm regen.