Rekening houden met het weer in Limasawa kan helpen om meer tijd aan het zwembad door te kunnen brengen tijdens je reis. De warmste maanden zijn gewoonlijk mei en juni, met een gemiddelde temperatuur van 28 °C. De koudste maanden zijn februari en januari, met een gemiddelde temperatuur van 27 °C De maanden met de meeste regen in Limasawa zijn juli, juni, september en oktober. Deze maanden valt er gemiddeld 363 mm regen.