Rekening houden met het weer in Mankayan kan helpen om meer tijd aan het zwembad door te kunnen brengen tijdens je reis. De warmste maanden zijn gewoonlijk mei en april, met een gemiddelde temperatuur van 23 °C. De koudste maanden zijn januari en februari, met een gemiddelde temperatuur van 20 °C De maanden met de meeste regen in Mankayan zijn juli, augustus, mei en juni. Deze maanden valt er gemiddeld 637 mm regen.