Het weer is waarschijnlijk een belangrijke factor als je je reis plant naar Moyobamba. Vergeet niet dat de goedkopere opties meestal beschikbaar zijn als het weer minder goed is. De warmste maanden zijn gewoonlijk september en oktober, met een gemiddelde temperatuur van 21 °C. De koudste maanden zijn juli en juni, met een gemiddelde temperatuur van 20 °C De maanden met de meeste regen in Moyobamba zijn maart, april, februari en december. Deze maanden valt er gemiddeld 324 mm regen.