Het weer speelt waarschijnlijk een grote rol als je je reis plant naar Padre Cocha. Vergeet niet dat de goedkopere opties meestal beschikbaar zijn als het weer minder goed is. De warmste maanden zijn gewoonlijk september en oktober, met een gemiddelde temperatuur van 26 °C. De koudste maanden zijn juli en juni, met een gemiddelde temperatuur van 25 °C De maanden met de meeste regen in Padre Cocha zijn maart, april, januari en december. Deze maanden valt er gemiddeld 352 mm regen.