Rekening houden met het weer in Puerto Gaitán is belangrijk voor het plannen van je reis, vooral als je aan het zwembad wilt liggen. De warmste maanden zijn gewoonlijk februari en januari, met een gemiddelde temperatuur van 28 °C. De koudste maanden zijn juli en juni, met een gemiddelde temperatuur van 25 °C De maanden met de meeste regen in Puerto Gaitán zijn mei, juni, april en juli. Deze maanden valt er gemiddeld 399 mm regen.