Rekening houden met het weer in Quillabamba is belangrijk voor het plannen van je reis, vooral als je aan het zwembad wilt liggen. De warmste maanden zijn gewoonlijk september en oktober, met een gemiddelde temperatuur van 12 °C. De koudste maanden zijn juli en juni, met een gemiddelde temperatuur van 11 °C De maanden met de meeste regen in Quillabamba zijn december, februari, januari en maart. Deze maanden valt er gemiddeld 321 mm regen.