Je voorbereiden op het weer is een belangrijke factor om zowel rust als plezier te vinden tijdens je reis naar Rio San Juan, vooral als het een beetje meer mag zijn. De warmste maanden zijn gewoonlijk juni en september, met een gemiddelde temperatuur van 26 °C. De koudste maanden zijn januari en februari, met een gemiddelde temperatuur van 22 °C De gemiddelde jaarlijkse neerslag in Rio San Juan is 959 mm.