Het weer is waarschijnlijk een belangrijke factor als je je reis plant naar Samosir. Vergeet niet dat de goedkopere opties meestal beschikbaar zijn als het weer minder goed is. De warmste maanden zijn gewoonlijk juni en juli, met een gemiddelde temperatuur van 24 °C. De koudste maanden zijn januari en februari, met een gemiddelde temperatuur van 23 °C De maanden met de meeste regen in Samosir zijn november, december, oktober en september. Deze maanden valt er gemiddeld 420 mm regen.