Het weer speelt waarschijnlijk een grote rol als je je reis plant naar San Borja. Vergeet niet dat de goedkopere opties meestal beschikbaar zijn als het weer minder goed is. De warmste maanden zijn gewoonlijk september en oktober, met een gemiddelde temperatuur van 25 °C. De koudste maanden zijn juli en juni, met een gemiddelde temperatuur van 22 °C De maanden met de meeste regen in San Borja zijn februari, januari, maart en december. Deze maanden valt er gemiddeld 580 mm regen.