Rekening houden met het weer in San Francisco de Borja is belangrijk voor het plannen van je reis, vooral als je aan het zwembad wilt liggen. De warmste maanden zijn gewoonlijk oktober en november, met een gemiddelde temperatuur van 9 °C. De koudste maanden zijn augustus en juli, met een gemiddelde temperatuur van 8 °C De maanden met de meeste regen in San Francisco de Borja zijn april, maart, november en februari. Deze maanden valt er gemiddeld 286 mm regen.