Rekening houden met het weer in San Juan Atenco kan helpen om meer tijd aan het zwembad door te kunnen brengen tijdens je reis. De warmste maanden zijn gewoonlijk april en mei, met een gemiddelde temperatuur van 19 °C. De koudste maanden zijn januari en december, met een gemiddelde temperatuur van 14 °C De maanden met de meeste regen in San Juan Atenco zijn juni, mei, april en september. Deze maanden valt er gemiddeld 286 mm regen.