Je voorbereiden op het weer is een goede manier om je reis naar San Juan de Pasto tot een succes te maken, vooral als het een beetje meer mag zijn. De warmste maanden zijn gewoonlijk september en augustus, met een gemiddelde temperatuur van 17 °C. De koudste maanden zijn augustus en juli, met een gemiddelde temperatuur van 17 °C De maanden met de meeste regen in San Juan de Pasto zijn april, maart, mei en november. Deze maanden valt er gemiddeld 465 mm regen.