Rekening houden met het weer in San Juan de Pisco kan helpen om meer tijd aan het zwembad door te kunnen brengen tijdens je reis. De warmste maanden zijn gewoonlijk augustus en juli, met een gemiddelde temperatuur van 10 °C. De koudste maanden zijn juli en augustus, met een gemiddelde temperatuur van 10 °C De maanden met de meeste regen in San Juan de Pisco zijn maart, januari, februari en april. Deze maanden valt er gemiddeld 337 mm regen.