Rekening houden met het weer in San Juan Nepomuceno is belangrijk voor het plannen van je reis, vooral als je aan het zwembad wilt liggen. De warmste maanden zijn gewoonlijk februari en maart, met een gemiddelde temperatuur van 28 °C. De koudste maanden zijn november en december, met een gemiddelde temperatuur van 26 °C De maanden met de meeste regen in San Juan Nepomuceno zijn mei, augustus, oktober en juni. Deze maanden valt er gemiddeld 257 mm regen.