Het weer speelt waarschijnlijk een grote rol als je je reis plant naar San Rafael del Sur. Vergeet niet dat de goedkopere opties meestal beschikbaar zijn als het weer minder goed is. De warmste maanden zijn gewoonlijk april en maart, met een gemiddelde temperatuur van 28 °C. De koudste maanden zijn januari en december, met een gemiddelde temperatuur van 27 °C De maanden met de meeste regen in San Rafael del Sur zijn oktober, september, juni en augustus. Deze maanden valt er gemiddeld 303 mm regen.