Rekening houden met het weer in San Rafael is belangrijk voor het plannen van je reis, vooral als je aan het zwembad wilt liggen. De warmste maanden zijn gewoonlijk september en augustus, met een gemiddelde temperatuur van 25 °C. De koudste maanden zijn juli en juni, met een gemiddelde temperatuur van 24 °C De maanden met de meeste regen in San Rafael zijn maart, februari, april en januari. Deze maanden valt er gemiddeld 319 mm regen.