Rekening houden met het weer in São João is belangrijk voor het plannen van je reis, vooral als je aan het zwembad wilt liggen. De warmste maanden zijn gewoonlijk januari en februari, met een gemiddelde temperatuur van 24 °C. De koudste maanden zijn juli en juni, met een gemiddelde temperatuur van 17 °C De maanden met de meeste regen in São João zijn januari, februari, maart en december. Deze maanden valt er gemiddeld 222 mm regen.