Rekening houden met het weer in Tres Zapotes is belangrijk voor het plannen van je reis, vooral als je aan het zwembad wilt liggen. De warmste maanden zijn gewoonlijk mei en april, met een gemiddelde temperatuur van 26 °C. De koudste maanden zijn januari en februari, met een gemiddelde temperatuur van 21 °C De maanden met de meeste regen in Tres Zapotes zijn oktober, september, november en augustus. Deze maanden valt er gemiddeld 348 mm regen.