Je voorbereiden op het weer is een goede manier om je reis naar Tsukioka Onsen tot een succes te maken, vooral als het een beetje meer mag zijn. De warmste maanden zijn gewoonlijk augustus en juli, met een gemiddelde temperatuur van 23 °C. De koudste maanden zijn februari en januari, met een gemiddelde temperatuur van 3 °C De maanden met de meeste regen in Tsukioka Onsen zijn juli, december, januari en augustus. Deze maanden valt er gemiddeld 257 mm regen.