Rekening houden met het weer in Zapatoca kan helpen om meer tijd aan het zwembad door te kunnen brengen tijdens je reis. De warmste maanden zijn gewoonlijk februari en januari, met een gemiddelde temperatuur van 24 °C. De koudste maanden zijn november en december, met een gemiddelde temperatuur van 23 °C De maanden met de meeste regen in Zapatoca zijn oktober, november, mei en april. Deze maanden valt er gemiddeld 461 mm regen.