Het weer is waarschijnlijk een belangrijke factor als je je reis plant naar Appi Onsen. Vergeet niet dat de goedkopere opties meestal beschikbaar zijn als het weer minder goed is. De warmste maanden zijn gewoonlijk augustus en juli, met een gemiddelde temperatuur van 18 °C. De koudste maanden zijn januari en februari, met een gemiddelde temperatuur van -4 °C De maanden met de meeste regen in Appi Onsen zijn juli, augustus, september en oktober. Deze maanden valt er gemiddeld 240 mm regen.