Rekening houden met het weer in Capitanejo is belangrijk voor het plannen van je reis, vooral als je aan het zwembad wilt liggen. De warmste maanden zijn gewoonlijk augustus en juli, met een gemiddelde temperatuur van 27 °C. De koudste maanden zijn februari en maart, met een gemiddelde temperatuur van 25 °C De gemiddelde jaarlijkse neerslag in Capitanejo is 911 mm.