Rekening houden met het weer in El Progreso is belangrijk voor het plannen van je reis, vooral als je aan het zwembad wilt liggen. De warmste maanden zijn gewoonlijk april en mei, met een gemiddelde temperatuur van 26 °C. De koudste maanden zijn januari en februari, met een gemiddelde temperatuur van 23 °C De maanden met de meeste regen in El Progreso zijn november, oktober, september en juni. Deze maanden valt er gemiddeld 289 mm regen.