De beste gebieden om te verblijven in Yakushima zijn de regio's Miyanoura en Anbo, vooral voor wie op zoek is naar gemak en toegang tot faciliteiten.Miyanoura, gelegen aan de noordkust van het eiland, is het belangrijkste toegangspunt voor de meeste bezoekers die per veerboot arriveren. Het is de grootste stad en heeft de breedste selectie aan restaurants, winkels en accommodatiemogelijkheden. Je vindt hier het Yakushima Environmental Culture Village Centre, een goede plek om informatie te verzamelen en je wandelingen te plannen. Het gebied rond de veerbootterminal en langs de hoofdweg, Route 594, biedt veel keuzes.Dit gebied is bijzonder goed voor gezinnen vanwege de concentratie van voorzieningen. Meer eetgelegenheden en gemakkelijk toegankelijke winkels kunnen een verblijf met kinderen veel soepeler maken. De nabijheid van de veerbootterminal vereenvoudigt ook aankomsten en vertrekken.Anbo, aan de oostkust van het eiland, biedt ook een goed aanbod aan accommodatie en is een handige uitvalsbasis voor het verkennen van de zuidelijke en oostelijke delen van het eiland. Het is de op één na grootste stad en biedt goede toegang tot populaire wandelpaden zoals die naar Jomon Sugi.Voor koppels die van wandelen houden, biedt een verblijf in Anbo uitstekende toegang tot veel wandelroutes, waardoor ze vroeg kunnen beginnen om de drukte voor te zijn.