Rekening houden met het weer in Yubiso Onsen kan helpen om meer tijd aan het zwembad door te kunnen brengen tijdens je reis. De warmste maanden zijn gewoonlijk augustus en juli, met een gemiddelde temperatuur van 20 °C. De koudste maanden zijn januari en februari, met een gemiddelde temperatuur van 0 °C De maanden met de meeste regen in Yubiso Onsen zijn juli, september, oktober en augustus. Deze maanden valt er gemiddeld 218 mm regen.