Rekening houden met het weer in Khartoum is belangrijk voor het plannen van je reis, vooral als je aan het zwembad wilt liggen. De warmste maanden zijn gewoonlijk mei en juni, met een gemiddelde temperatuur van 34 °C. De koudste maanden zijn januari en februari, met een gemiddelde temperatuur van 26 °C De gemiddelde jaarlijkse neerslag in Khartoum is 74 mm.